Istoricul Panait I. Panaite relata la un moment dat că din cauza filmărilor făcute de Sergiu Nicolaescu pentru filmul „Noi, cei din linia întâi“, în incinta mănăstirii Văcărești când s-au folosit aruncătoare de flăcări, petarde şi s-a perindat o masă de ostaşi cu vehicule grele, tunuri şi tancuri, s-au produs mai multe stricăciuni decât în toți anii cât a fost pușcărie.

Mănăstirea Văcăreşti a fost construită în 1716-1722 de domnitorul fanariot Nicolae Mavrocordat, acest aşezământ a avut funcţie monastică, de curte domnească şi totodată aceea de centru cultural al Europei secolului XVIII. 

Anul 1864 marchează începutul declinului pentru Mănăstirea Văcăreşti care este transformată în penitenciar. Călugării sunt evacuaţi, iar chiliile sunt transformate în celule. La ferestre şi creneluri apar gratii, iar arhitectura monumentului este alterată grav de adăugirile impuse de noua destinaţie. Casa domnească a Mavrocordaţilor este transformată în spital al închisorii, stăreţia devine penitenciar de femei, paraclisul este închis, iar biserica este rezervată uzului religios duminical al deţinuţilor. Sunt realizate o serie deateliere, destinate muncii prestate de aceştia. Astfel, în decurs de câteva decenii, acest bastion al ortodoxiei europene suferă o iremediabilă deteriorare morală în percepţia colectivă din ţară şi din exterior.

În 1914, Tudor Arghezi este închis la Văcăreşti, pentru că a  scris articole considerate de autorităţi drept “agitaţie războinică”. Perioada este imortalizată de poet în volumul memorialistic “Poarta Neagră”. Tot în acea perioadă este încarcerat şi Ioan Slavici, care a descris viaţa la Văcăreşti în cartea “Închisorile mele”. Totuşi, cel mai complet tablou al vieţii de penitenciar de aici se datorează lui Mircea Damian, care publică în 1924 cartea “Celula nr. 13”, spune Florin Dobrescu, vicepreşedinte al organizaţiei Gogu Puiu şi Haiducii Dobrogei. În 1924 este încarcerat la Văcăreşti şi Corneliu Zelea Codreanu.

Pe la Văcăreşti au trecut şi Ana Pauker şi Gheorghe Gheorghiu-Dej. Sub regimul comunist, deţinuţii politici vor fi aduşi la Văcăreşti fie la spitalul din incinta penitenciarului (după obiceiul bolşevic, erau aduşi atunci când nu se mai putea face nimic), fie în tranzit sau pe timpul implicării în alte procese colaterale.

În 1973, penitenciarul este evacuat, dispunându-se ample măsuri de restaurare a clădirilor. Scopul declarat era transformarea Văcăreştilor într-un amplu ansamblu muzeistic de artă medievală românească. Acum sunt restaurate: casa domnească, paraclisul, stăreţia, cuhniile şi galeria pe două nivele de pe latura de răsărit. Însă, câţiva ani mai târziu, în 1977, Direcţia Monumentelor Istorice este desfiinţată şi astfel, patrimoniul arhitectural al ţării rămâne la discreţia lui Nicolae Ceauşescu. 

Pe 2 decembrie 1984, Ceauşescu a vizitat Văcăreştii, dispunând demolarea lăcaşului, sub pretextul construirii pe platoul dealului a unui nou palat al justiţiei.  La sfârşitul lui martie 1985, profesorul Panait I. Panait, directorul Muzeului de Istorie şi Artă a Municipiului Bucureşti, sesiza Studioul Buftea că, în timpul acţiunilor de filmare conduse de Sergiu Nicolaescu pentru un film cu subiect istoric, „Noi, cei din linia întâi“, fapt ce a determinat intervenţia la forurile superioare a personalului Muzeului de Istorie a Municipiului Bucureşti au fost aduse grave avarii monumentului istoric Văcăreşti. În adresă se menţiona faptul că în monument s-au folosit aruncătoare de flăcări, petarde, tancuri şi tunuri. Opera de distrugere a fost completată de un grup de ţigani din zona, care au furat icoane pe lemn datând din secolul XVIII, din fericire recuperate.

De cealaltă parte a baricadei, protestele şi intervenţiile scrise, aparţinând unor personalităţi ale vieţii culturale de atunci (Constantin Noica, Geo Bogza, Mihai Şora, Zoe Dumitrescu-Busulenga, Dinu C. Giurescu, Grigore Ionescu, Florin Rotaru, Răzvan Theodorescu, Peter Derer), nu au avut sorţi de izbândă. La fel intervenţiile personale ale unor înalţi ierarhi ai Bisericii Ortodoxe Române sau cele ale preşedintei de onoare a Uniunii Arhitecţilor din România, nonagenara Henriette Delavrancea-Gibory, fiica marelui scriitor Barbu Stefănescu-Delavrancea. Doar tergiversările intenţionate şi curajoase ale unor arhitecţi, precum Gheorghe Leahu, au făcut ca demonicul plan să fie întârziat.

Totuşi, în intervalul septembrie – decembrie 1986, ansamblul este demolat. Zi şi noapte buldozerele şi macaralele lucrează, în timp ce basculantele cară spre rampa de gunoaie capiteluri, sculpturi, fragmente de frescă. Zidurile pe care utilajele nu le pot distruge sunt puse la pământ cu dinamită. 

În ianuarie 1987 cad ultimele piese ale măreţului ansamblu: biserica şi galeria estică, cu paraclisul domnesc. De Sfântul Ioan Botezătorul, platoul dealului Văcăreşti, gol, arăta ca o rană vie în bătaia viscolului.