Atestată în anul 1594, mănăstirea este construită de către Mihai Viteazul, iar, după câteva documente din anul 1696, pe locul mănăstirii se afla o biserică de lemn construită de către domnitorul Vlad Dracul. Aflându-se în ruină, bisericuţa va fi refăcută de către jupâneasa Caplea din Stăneşti, care va dona bisericii tot ceea ce se cerea pentru treburile bisericeşti şi va închina biserica mănăstirii Simonopetra de la Muntele Athos.
Prima menţionare a bisericii este din anul 1591, când egumenul Evghenie de la mănătirea Simonopetra îi va cere lui Mihai Viteazul, pe atunci ban al Craiovei, să reconstruiască mănăstirea deoarece se află într-un loc mlăştinos şi dăunător sănătăţii. De-a lungul vremurilor mănăstirea a fost remarcată pentru frumuseţea şi rezistenţa sa. În anul 1595 oastea lui Mihai Viteazul a fost asediată de către turci între zidurile acestei mănăstiri. Cronicarul turc Evlyia Celebi spune că mănăstirea Mihai Vodă avea 100 de încăperi mari fiind una din cele paisprezece mănăstiri mari ale țării.
În secolul al XVIII-lea, mănăstirii îi vor fi aduse noi îmbunătăţiri precum sculpturi şi ornamente noi, dar va suferi şi un puternic incendiu în 1761 care o va afecta destul de mult. Tot în secolul al XVIII-lea, unii domnitori, precum Constantin Mavrocordat sau Alexandru Ipsilanti, vor folosi curţile din jurul mănăstirii ca reşedinţă domnească. În anul 1775 se va construi şi Noua Curte Domnească, ce va servi ca reşedinţă pentru domnii ţării până în anul 1812, când un incendiu o va arde, iar de atunci locul a fost cunoscut drept Curtea Arsă.
Între 1828 şi 1829, în timpul războaielor ruso- turce, aici va funcţiona un spital militar, iar mai târziu, între 1855 – 1862, o şcoală de medicină. În anul 1864, sediul Arhivelor Statului va fi mutat în chiliile mănăstirii sub conducerea lui Cezar Bolliac, iar la începutul secolului XX noi edificii vor fi construite pentru a satisface nevoile instituţiei Arhivelor Statului – printre alte, Palatul Arhivelor Naţionale.
Din 1920, odată cu înfiinţarea Ordinului Mihai Viteazul, aici va fi şi sediul cavalerilor Ordinului. Tot în acea perioadă au loc lucrări de restaurare, ce se vor prelungi până în anii 1940.
Situaţia şi destinul mănăstirii se vor schimba total odată cu venirea la putere a regimului comunist. La începutul anilor 1950 se continuă reparaţiile din anii anteriori, iar în 1955 mănăstirea este declarată monument istoric.
Totuşi, acest lucru nu a scăpat-o de demolările şi modificările efectuate pentru construirea Centrului Civic. Mănăstirea Mihai Vodă a fost, la început, ascunsă de ochii tuturor în spatele noilor blocuri socialiste construite, dar în 1985 aceasta a fost propusă pentru demolare. Din cadrul complexului, zidul şi unele anexe au fost demolate, dar la insistenţele mai multor intelectuali ai vremii au putut fi salvate biserica mănăstirii şi turnul clopotniţei. Mai mult chiar biserica a fost mutată ei din locaţia originală din fosta strada a Arhivelor în strada Sapienţei, unde se găseşte şi astăzi. În timpul mutării, a fost afectată structura bisericii, iar un număr de oseminte din interiorul mănăstirii s-au pierdut.
Zeci de cetăți, castele, palate și conace din România au fost reabilitate cu ajutorul fondurilor…
Guvernul de la Berlin vrea să cedeze o vilă care a aparţinut cândva ministrului de…
Un incendiu de proporții a izbucnit lângă mănăstirea Voroneț, sâmbătă chiar cu câteva ore înainte…
Arheologii din cardul Muzeului Național al Unirii Alba Iulia au prezentat un colț de geam…
Consilierii PNL și PSD, care fac partre dintr-o coaliția de ceva timp la guvernare în…
O clădire istorică a bursei de valori din centrul orașului Copenhaga a fost cuprinsă de…